33年前，JAM通过传送门突然袭击地球，后来经过很多次战斗，地球军成功地将JAM打到Fairy　　在一次任务结束后，零准备驾驶“雪风”返回途中遭遇未知战机Sylph，在Yukikaze的判断下零认为是JAM，并将其击落，但在爆炸的波及下使零受了伤······　　在修养期间，杰克免除了零的飞行任务，并为零的复出开了个小宴会，在酒醉的睡梦中，零看到了一些陌生的景象······　　零接到调查Sylph的任务，但在任务中转入了战斗，不单受到攻击，系统更被JAM入侵，但最后还是躲过了死亡，返回基地。为了不让“雪风”落在JAM手上，杰克要求以无人战机FRX代替“雪风”，但遭到零的反对，在吵架后零不快离去。　　为了查明真相，零与伙伴私自驾驶“雪风”出去，但后来被击落，并与基地中断了联系······此事让杰克很焦急，冒着上军事法庭的危险，带同FRX一起出发展开搜索。　　在零醒后被告知在一个前线基地，一个神秘军人以修好“雪风”为借口向零套取Yukikaze的密码。当零在“雪风”上看到Yukikaze的警示后，立刻做出反抗，并逃离了JAM制造的数据空间。但却遭到JAM的追击，“雪风”再次被击落······　　在零绝望时，Yukikaze控制FRX前来相救，并将数据都转移到FRX上，在弹出零后，FRX将“雪风”击毁······而零，则昏迷在荒漠中······